ในด้านสังคมและวัฒนธรรม ญี่ปุ่นให้ความสำคัญในการแลกเปลี่ยนประชาชนโดยเฉพาะในระดับเยาวชน โดยปี พ.ศ.2550 ได้จัดโครงการ Japan-East Asia Network of Exchange for Students and Youths (JENESYS) เพื่อส่งเสริมการศึกษา และพัฒนาบุคลากรของอาเซียน สำหรับประเทศไทยซึ่งเป็นแหล่งทุนที่สำคัญของญี่ปุ่น ซึ่งญี่ปุ่นสนใจร่วมมือกับไทยเพื่อพัฒนาอนุภาคลุ่มน้ำโขงเพื่อมุ่งไปสู่เป้าหมายของการรวมตัวเป็นประชาคมอาเซียนในปี พ.ศ.2558